Ein Online-Depot weist einige Vorteile auf, die von den Anlegern geschätzt werden. So sind zum Beispiel die Depotgebühren entweder sehr günstig oder werden komplett erlassen. Auch die Ordergebühren sind wesentlich niedriger, als beim Depot von einer Filialbank. Für Anleger die viele Transaktionen durchführen sind niedrige Ordergebühren wichtiger, als ein kostenloses Depot, weil sie dadurch mehr Geld sparen. Das gesparte Geld kommt letztendlich der Rendite zugute.
Die Inhaber von einem Online-Depot haben die Möglichkeit die Transaktionen zu den Börsenzeiten durchzuführen und am außerbörslichen Handel teilzunehmen. Das ist bei einer Filialbank nicht möglich. Beim außerbörslichen Handel werden die Transaktionen direkt bei den Emittenten durchgeführt. Dadurch sparen die Anleger die Gebühren für die Börsenplätze, die fällig werden, wenn der Handel über die Börse erfolgt. Durch den direkten Handel werden die Transaktionen zwischen Anleger und Emittent sehr schnell durchgeführt.
Der einzige Nachteil beim Online-Depot ist, dass die Depotinhaber auf die persönliche Beratung verzichten müssen. In der Regel bieten aber auch Online-Broker Hilfestellung an, die per E-Mail oder Telefon in Anspruch genommen werden kann.